אחת הדרכים להקל על מעבר ללינוקס, היא להציע לאנשים להשתמש בגרסאות של תוכנות חופשיות לחלונות ו/או תוכנות ?קוד פתוח. עם הזמן, יהיה להם הרבה יותר קל להחליף את מערכת ההפעלה כי כל היישומים שהם רגילים אליהם ואוהבים אותם (חוץ מהאנטי וירוסים, אנטי ספייוורים, אנטי פופאפים וכו' שלא ממש צריך בלינוקס LOL) יהיו זמינים גם תחת לינוקס.
תוכנות שיש להן גרסה גם ללינוקס מסומנות ע"י 
. לתוכנות אחרות קיימות מקבילות ללינוקס אותן ניתן למצוא בדף רשימת תוכנות תחליפיות.
תוכנות
תוכנות משרדיות ועריכה
אופן אופיס - ערכת יישומים משרדיים תואמת Microsoft אופיס
PDF Creator - תוכנה המדמה מנהל התקן (דרייבר) מדפסת ומאפשרת "הדפסה ל PDF" מכל יישומי חלונות.
?LyX - מערכת עריכת מסמכים מתקדמת . נעיר שלמרות שגרסאת הלינוקס של תוכנה זו תומכת בעברית, גירסאת החלונות - לא.
גרפיקה ומולטימדיה
The GIMP - תכנה רבת עוצמה לעריכת תמונות
?Dia - תוכנת שרטוט
?Tux Paint - תוכנת ציור כייפית לילדים
Mplayer - נגן וידאו ואודיו
Jahshaka - תוכנת עריכת וידאו
אינטרנט
Mozilla Firefox - דפדפן מבוסס מוזילה
Mozilla Thunderbird - לקוח דואר אלקטרוני
DownloadPlus - מנהל/מאיץ הורדות
FileZilla - לקוח FTP
?SIM - תוכנת מסרים מיידיים משולבת
Miranda - תוכנת מסרים מיידיים משולבת
GAIM - תוכנת מסרים מידיים משולבת
Feed Reader - תוכנה לייבוא והצגת RSS. פורמט זה זמין מאתרים שונים (כולל ווטסאפ) ומאפשר צפיה בכותרות מהאתר (למשל חדשות) מבלי להכנס לאתר עצמו
eMule - תוכנת שיתוף קבצים ברשת ED2K
משחקים
BZFlag - משחק רשת תלת-מימדי
FlightGear - מדמה טיסה
?Enigma - משחק מחשבה
תוכנות עזר ושונות
MinGW - אוסף של ספריות שמאפשרות פיתוח תוכנות לחלונות ללא תלות בקבצי DLL חיצוניים
7-Zip - תוכנה כיווץ/פריסה לחלונות, הכוללת מגוון נרחב של אפשרויות
MD5summer - תוכנה לחישוב חתימות ?md5 (לבדיקת תקינות קבצים, למשל בעת הורדה של הפצות לינוקס)
winmd5sum - עוד תוכנה לחישוב חתימות ?md5
עורכי טקסט פשוט
Vim - עורך טקסט דמוי VI, שהתחיל את דרכו ביוניקס
אמולטורים והדמיות
cygwin - סביבה דמויית לינוקס לחלונות
DosBox - הדמיה לסביבת DOS. טובה להרצת משחקים ותוכנות הבנויות במקור לDOS.
?QEMU - הדמייה של המעבד והחומרה על מנת לאפשר הרצת מערכת הפעלה אחרת בסביבה וירטואלית. ניתן להריץ דרכה מגוון מערכות לינוקס, BSD ואחרות.
?coLinux - היסב "נייטיב" של לינוקס המאפשר להריץ אותה לצד מערכת ההפעלה חלונות
אבטחה ושרתים
ClamWin Antivirus - אנטי-וירוס
Ethereal - מנתח תעבורת רשת
אוספי תוכנות
The Open CD הוא תקליטור המכיל מגוון תוכנות חופשיות לשימוש בחלונות. בין השאר, ניתן למצוא בו חלק מהתוכנות הרשומות לעיל.
GNUWin II הוא עוד תקליטור המכיל מגוון תוכניות חופשיות לשימוש בחלונות, וביניהן משחקים, לומדות, מולטימדיה ועוד כהנה וכהנה.
WinLibre מערכת התקנה עם אשף המאפשר התקנת תוכנות חופשיות מהתקליטור או מהאינטרנט בקליק אחד.
רשימת תוכנות חופשיות
רשימה ענקית של תוכנות קוד פתוח לחלונות
עוד רשימה, ממויינת לפי סוג השימוש
